Příběh
Tanker U.S.S. Discovery
Všechno to začíná na mostě George Washingtona v New Yorku, někdy večer. Solid Snake zahalený do tmavé pláštěnky v plynulém přechodu do stealth kamufláže seskakuje na Tanker s označením USS Discovery, při dopadu mu ale selhává Stealth kamufláž (Otacon Snakea zapomněl informovat že Stealth kamufláž nefunguje v dešti). Na začátku se dozvíte že Snake a Otacon se v uplynulých dvou letech stal členem organizace Philantropy, která sleduje dění kolem Metal Gearu. Kromě Snakea a Otacona je dalším členem i stará známa Mei Ling, která ale zrovna je na jiné misi. Jeden anonym s přezdívkou E.E. poslal Otaconovi zprávu o převozu Metal Gear Raye, kterého postavilo americké námořnictvo jako zbraň proti ostatním Metal Gearům, nový Metal Gear s kódovým jménem RAY je navíc obojživelník což je značná převaha oproti neohebnému REXovi. Na Tankeru USS Discovery je převážen právě prototyp Metal Gear RAYe, který je převážen na první testování. Otacon považoval tuto zprávu za pravou protože si myslel že ji poslala jeho sestra Emma Emmerich, které přezdíval E.E., on se s ní ale nedrží příliš v kontaktu. Úkolem Solid Snakea je získat důkazy o jeho existenci, přesněji jeho fotografie.
Hned na začátku hry se ale všechno obrátí proti vám, protože tanker obsadí skupina ruských teroristů, vedená Sergeiem Gurlukovichem. Snakeova první cesta vede na můstek tankeru, kde se utká s Olgou Gurlukovich (Dcera vůdce teroristů), souboj končí uspáním Olgy zbraní M9, a také Solid Snake fotí kolem letící Saipher. Poté Snake pokračuje do podpalubí lodi. Po chvíli se Snake dostane do nákladového prostoru, kde ho zavře jeden terorista, který je poté zabit Revolver Ocelotem. V nákladovém prostoru jsou taky mariňáci, kteří nemají ponětí o tom co se děje na povrchu a poslouchají sedmiminutový proslov Scotta Dolpha. Během této doby se Snake dostal do třetí části nákladového prostoru, kde konečně spatřil Metal Gear RAYe, ihned pořídil fotky a poslal je Otaconovi. Hned poté je ale závěr Scottovi přednášky přerušen příchodem Revolver Ocelota, po chvíli se zde také objeví Sergej Gurlukovich se svými teroristy. Za pár okamžiků však Ocelot zabijí Scotta, Sergeje i teroristy, v tu ránu také odpaluje semtex rozmístěný všude po tankeru, takže se to tam začne naplňovat vodou. Ocelot už běžel ke kabině RAYe, ale v tu chvíli na něj vyskočí Solid Snake a v krátkém rozhovoru začne Ocelota chytat jakási křeč do ruky, najednou Ocelot má hlas Liquid Snakea (Genetického bratra Solid Snakea zabitého v Metal Gear Solid), vyplývá na povrch, že poté co Ninja v Metal Gear Solidu Ocelotovi usekl pravou ruku, si ji po zabití Liquid Snakea nechal implantovat, jenže Liquidova DNA v blízkosti svého bratra Solida úplně ovládne Ocelota. Poté Ocelot naskočí do kabiny RAYe a propálí vodním laserem trub lodi, RAY vyplave na povrch a Solid Snake jako zázrakem také. Tanker se pomalu potápí a Metal Gear RAY uplavává pryč. Závěrem Ocelot podává zprávu prezidentovi.
Čistička Big Shell
Dva roky po událostech na USS Discovery, je na místě jeho potopení postavena čistička vod s názvem Big Shell, která má za úkol zlikvidovat následky této ekologické katastrofy. Jenže při návštěvě presidenta U.S.A. je čistička obsazena teroristickou skupinou "Sons of Liberty"(neboli Synové svobody). Teroristé požadují jako výkupné 30 miliónů amerických dolarů. Armáda již sice vyslala několik speciálních teamů NAVY SEALS, ale i přes ně raději vyslala speciálního agenta s krycím jménem Snake. Po efektivním připlutí na Big Shell, je tomuto agentovi změněno krycí jméno na Raiden. Toto je Raidenova první mise, dostal se na ní jen díky nejlepšímu hodnocení misí ve Virtuální realitě. Jeho velitel je starý známý Plukovník Roy Campbell a jeho ukladačka je jeho přítelkyně Rosemary (zkráceně Rose). Po chvíli se Raiden dozvídá že velitelem teroristů je samotný Solid Snake, který údajně zahynul před dvěma lety na tankeru USS Discovery, také je podle médií považován za viníka potopení tankeru. Raidenovi se ale nechce věřit že jeho hrdina Snake je terorista a pověřuje Rose aby udělala test D.N.A. na údajném Snakeově těle, které našli u tankeru. Na plošině A se Raiden dozví o týmu NAVY SEALS, který má na plošině B problémy, Raiden se tam co nejrychleji dostane, ale všichni jsou již mrtvi. Najednou Raiden slyší střelbu z vedlejší místnosti a rychle tam jde. Několik vojáků přežilo a bojují s jakým si upírem, kterým není nikdo jiný než Vamp, člen skupiny Dead Cell. Vamp je během okamžiku zabije, poté si všimne i Raidena, ale zachrání ho podporučík Iriquois Pliskin. Jenže se to obrátí proti němu a málem ho Vamp zabil, tedy kdyby ho neodvolala Fortune, "jeho královna", která je také členem skupiny Dead Cell. Z Pliskinovi vysílačky se Raiden dozví že na plošině B, se svádí souboj o presidenta a rychle tam běží. Bohužel je jen svědek jak vojáci střílí po Fortune, ale tý se díky jejímu štěstí vyhýbají kulky a v její přítomnosti nevybuchují granáty. Poté Fortune pár výstřelama ze své elektrické pušky všechny zabijí a společně s Vampem odnášejí presidenta. Na další plošině Raiden narazí na Petera Stillmana, což je expert přes výbušniny, řekne vám že jeho bývalí přítel Fatman, nynější člen skupiny Dead Cell, nastražil po celém Big Shellu bomby, a vy je musíte zlikvidovat.
Pliskin začne likvidovat na druhé části Big Shellu a na Raidena zbývá ta první část. Následuje likvidování bomb, kterých je kolem první hlavní plošiny celkem šest. Při jejich likvidaci se Raiden setkává s Olgou Gurlukovich, která je velitelem ruských vojáků na Big Shellu, ale Olga Raidenovi uskočí efektivním saltem ze schodů. Likvidace Bomb končí velkým dramatem, protože odstraňování poslední bomby se změní v nervy drásající souboj s časem. Jenže Stillman svůj souboj s bombama prohrává a její exploze ho zabijí. Po likvidaci poslední bomby se Raiden poprvé utká s Fortune, díky jejímu štěstí ji ale nemůže zranit, a proto se v průběhu souboje pouze brání. Po chvíli přichází na scénu Vamp. Raiden vystřelí pár střel na Fortune, ale kulky se ji vyhnou tak nešikovně, že trefí Vampa přímo mezi oči. Raiden pomalu Fortune obejde a vyjede výtahem zpět na povrch Big Shellu. Mezitím se mrtvý Vamp pod slzama Fortune probudí. V zápětí ale čeká Raidena nová špatná zpráva, na přistávací ploše na střeše plošiny E je aktivována nová bomba a Raiden má pouhých 400 vteřin na jejich likvidaci. Po příchodu na plošinu Raiden zneškodní bombu, která je na místě kde před tím stál Harrier. V zápětí se vám představí sám Fatman na kolečkových bruslích. Raiden se dozvídá že Fatman chtěl hlavně zabít svého bývalého přítele Stillmana, který ho vyloučil ze své jednotky. Na konci souboje Fatman umírá a Raiden definitivně odvrací zničení Big Shellu (alespoň prozatím).
Po souboji s Fatmanem se Raiden poprve setká s Ninjou, od kterého se dozví spoustu zajímavých informací. Tou nejdůležitější je informace o jistém agentu Amesovi, který by měl vědět více o místě kde drží presidenta, dále Ninja Raidenovi předá kompletní oblek ruských teroristů, Raidenovi už jen zbývá sehnat si Aks-74u aby se nepozorovaně dostal do plošiny Shell 1. Cestou Raidena kontaktuje Rose a informuje ho o exhumaci Solid Snakeova těla. Pomocí testů D.N.A. je bezpečně identifikováno jako Solid Snake, avšak podivné je že mu údajně chybí pravá ruka. Díky tomuto dokonalému převleku se nakonec Raiden dostane do místnosti kde drží vězně a hlavně agenta Amese. Díky směrovému mikrofónu a Amesově kardiostimulátoru ho Raiden okamžitě najde a dozví se od něj spoustu informací. Hlavně že pod základnou Big Shell se nachází prototyp zcela nového Metal Gearu s kódovým označením Arsenal Gear, také se od něj Raiden dozví že presidenta drží v plošině Shell 2. Díky směrovému mikrofónu, Raiden ještě pře odchodem vyslechne velmi zajímavý rozhovor mezi Ocelotem, Olgou a tajemným mužem v plášti, kterého oslovují Snake. Z rozhovoru se dozvídá že Big Shell je vlastně obrovský humbuk, sloužící pouze jako kamufláž pro projekt Arsenal Gear. Potopení tankeru bylo zinscenováno Patrioty na místě, kde nyní stojí Big Shell, a Solid Snake je tedy nevinný. Po skončení rozhovoru se k Raidenovi a Amesovi blíží Ocelot, Raiden si rychle nasadí masku a vezme kalach, při příchodu Ocelota si s ním Ames prohodí pár slov a Ames v zápětí umírá na infarkt (ve skutečnosti Patrioti vypnou jeho kardiostimulátor), díky Raidenově neopatrnosti ho Ocelot prokoukne a dá rozkaz k jeho popravě, ale naposlední chvíli přiskočí Ninja a Raidena zachrání.
Po východu z Shell 1 se nyní Raiden soustředí na záchranu presidenta. Cestou na hlavní plošině ho ale kontaktuje Pliskin, který se s ním podělí o svůj plán na záchranu rukojmích. Podařilo se mu totiž ukořistit Ruskou Kasatku (Vojenský vrtulník), kterým je může dopravit na břeh, Raidenovi se také představí pilot vrtulníku Otacon. Na můstku mezi první a druhou částí Big Shellu, Raiden potká "Solid Snakea", ze kterého se po chvíli vyklube Solidus Snake, další Solidův genetický bratr, ten vám po chvíli odhalí že Pliskin není nikdo jiný než sám Solid Snake. Pravý Solid Snake potom schodí granátometem svého bratra ze spojovacího můstku do moře, ale ten je zachráněn Harrierem pilotovaným Vampem. Následuje souboj, ve kterém Raiden a Snake pomocí tepelně naváděných raket Stinger Harrier sestřelí. Ale těsně před dopadem na mořské dno je Harrier zachráněn Metal Gear RAYem, kterého neřídí nikdo jiný než Revolver Ocelot. Solidus Snake má poraněné levé oko a dává příkaz Vampovi aby z Harrieru zmizel. Vamp ladně odběhne po mořské hladině a pak přímo vzhůru po jednom ze sloupů Big Shellu. Poté vám Solid Snake a Otacon vysvětlí že Solid Snake potopení tankeru přežil, protože se zachránil na jednom člunu na zádi tankeru, pak společně s Otaconem vymysleli bezchybný plán, místo sebe tam zanechal tělo svého bratra Liquid Snakea, který má stejnou D.N.A., díky které byl bezpečně identifikován jako Solid Snake. Po neúspěšné akci na USS Discovery se dál věnoval své činnosti v organizaci Philantropy a na Big Shell je kvůli informacím o přítomnosti nového projektu Metal Gear. Otacon je zde navíc osobně zainteresován, protože teroristé zde údajně drží jeho sestru Emmu Emmerich.
Raiden po tomto zmatku pokračuje v hledání presidenta Johnsona. Nakonec se k němu přes elektrickou podlahu dostane a president mu odhalí skutečnost, že je na Big Shellu dobrovolně. Solidus Snake je totiž bývalým presidentem U.S.A. (používal jméno George Sears) a stál v pozadí událostí v Shadow Moses. S presidentem Johnsonem ho spojuje společný nepřítel, kterým jsou všemocní Patrioti. Ti v podstatě vládnou světu a president Johnson se chce stát za každou cenu jedním z nich. Proto se on a Solidus Snake pokusil zmocnit jejich projektu Arsenal Gear, který by v jejich rukou sloužil jako donucovací prostředek. Arsenal Gear je zbraní zcela nového typu. Jeho superpočítač je schopen zpracovávat všechny informace zaznamenané kdekoliv ve světě na elektronická média a následně je cenzurovat. Jeho rozměry jsou gigantické a základna Big Shell je postavena přímo na jeho trupu, Arsenal Gear pojme velké množství Metal Gear RAYů, které dálkově řídí jeho AI (Umělá Inteligence). Johnson ale cítí, že se události ubírají špatným směrem, a proto Raidenovi předá virus, může Arsenal Gear zničit. Na konci rozhovoru potom Raidena požádá aby ho zastřelil (Arsenal Gear je napojen na tlukot jeho srdce). Raiden ale odmítá a nakonec Johnsona zastřelí sám Revolver Ocelot.
Po presidentově smrti ho Otacon požádá aby našel jeho sestru Emmu Emmerich, navíc by jim mohla pomoci s tím virem, protože spolupracovala na jeho vývoji. Při cestě za ní si musí Raiden pořádně zaplavat protože další část Shell 2 je zatopená po Stillmanově explozi. Zhruba v půli cesty se Raiden setká s Vampem, který je díky své rychlosti velmi nebezpečným protivníkem. Navíc mu před soubojem sdělí neradostnou novinku. Arsenal Gear v sobě skrývá vodíkovou bombu, která má za účel zničit všechny informace naschromážděné v počítači na Manhattanu. Raiden je ale na konci v souboji úspěšnější a Vamp zmizí ve vodní hlubině pod plošinou, na které souboj probíhal. Kvůli vodíkové bombě má nyní Raiden důvod pospíšit si se zničením Arsenal Gearu. Přes zbytek zaplavené plošiny se nakonec Raiden dostane k Emmě, která mu poví vše o systému Arsenal Gearu, který by byl v nesprávných rukách velmi účinnou zbraní. Nyní musí Raiden dostat Emmu přes zaplavenou část Shell 2, jenže Emma se bojí vody a neumí plavat. Její otec se totiž utopil. Tak po úspěšném přemlouvání si vleze Raidenovi na záda a společně to přeplavou. Teď ještě Raidenovi zbývá dostat Emmu k Otaconovi do Shell 1, bohužel spojovací most je zničen a tak je už jen jedna cesta jak se tam dostat. Jedinou cestou už je jen tenký údržbářský můstek u hladiny vody pod Big Shellem. Ten je ale příliš úzký a unese pouze jednu osobu. Jako první na něj vstoupí Emma a Raiden ji musí pomocí sniperky ochránit. Na konci cesty na Emmu už čeká Solid Snake, ale těsně před koncem na ni vyskočí Vamp a Raiden ho musí odprásknout na dálku, ale Emma je během souboje smrtelně zraněna a Solid Snake ji popadne a rychle odnese do bezpečí do Shell 1. Bohužel Raiden za ním dorazí ve chvíli kdy Emma umírá a Snakeovi se nepodařilo nahrát celý virus do počítače Arsenal Gearům, nahrál tam zhruba 90% viru. Po její smrti se Snake přátelsky rozloučí s Otaconem, který i s papouškem Emmy hodně, hodně smutně odchází na přistávací plochu a odlétá s rukojmími. Mezitím je Arsenal Gear aktivován a připravuje se na odplutí. V tu ránu vás Solid Snake zrazuje, na scéně se objeví Ninja, z kterého se vyklube Olga Gurlukovich a jednou dobře mířenou ranou Raidena uspí.
Raiden se probere až na palubě Arsenal Gearu v prekérní situaci, je nahý a natažený na mučící nástroj a čeká ho podobné mučení jako Solid Snakea v Shadow Moses, dokonce i ve stejné místnosti. Jeho trýznitelem nemůže být nikdo jiný než odborník na mučení Revolver Ocelot, mučení je přítomen také Solidus Snake, který Raidenovi sdělí několik překvapivých faktů o jeho dětství. Solidus Snake je totiž vrahem jeho skutečných rodičů. Po jejich smrti odnesl tříletého Raidena do výcvikového tábora pro dětské vojáky, kde z něj udělali zabijáka. Potom se několik let zúčastnil aktivně občanské války, během které zabil spoustu nevinných lidí. Nakonec byl adoptován jinými rodiči a na svou minulost zapomněl. Po dlouhém mučení oba trýznitelé odcházejí a do cely přichází Olga, ze které se vyklube agent nedobrovolně pracující pro Patrioty (Drží její děti jako rukojmí). Vysvětlí Raidenovi že ho spolu se Solidem Snakem zradily, aby se dostali na palubu Arsenal Gearu. Hraje na obě strany a opět Raidenovi pomůže, že ho osvobodí. Raiden je ale nahý a nemá žádné vybavení kromě toho, že další chodba plná deaktivovaných Metal Gear RAYů je také plná ozbrojených Ninja ruských vojáků, ho také pořád otravuje plukovník Campbell s nesmyslnými žvásty. Na konci dlouhé chodby na Raidena naštěstí čeká Solid Snake s jeho oblečkem a výbavou. Navíc Raidenovi nechala Olga svoji katanu (meč), která je v boji na blízko velmi užitečnou zbraní, mimo jiné jde s ní vykrýt většina kulek.
Společně se Solid Snakem se musí Raiden probojovat dlouhou chodbou plnou vojáků, na jejím konci Raidena kontaktuje Campbell a vykládá mu další žvásty, potom Raiden zavolá Otaconovi a poprosí ho aby vystopoval zdroj signálu Campbella a Rose. Otacon mu sdělí že signál vychází přímo z Arsenal Gearu, ze superpočítače, znamená to tedy že Campbell a Rosemary jsou vlastně AI. Na konci cesty čeká Raidena a Snakea setkání s tajemnou Fortune, která osočí Snake z vraždy jejího otce Scotta Dolpha. Raiden zatím pokračuje dál po žebříku nahoru a Snake začíná s Fortune bojovat. Raiden se náhle ocitá na plošině VR tréninku a útočí na něj celá kavalerie Metal Gear RAYů. Raiden jich pár vyřídí a když je zmožen a už ani neudrží Stinger zachrání ho Olga, kterou potom vyřídí sám Solidus Snake. V tu chvíli začne účinkovat virus v Arsenal Gearu a zbylý tři RAYové se obrátí proti Solidus Snakeovi. Solidus je během pár okamžiků vyřídí. Poté přivede Fortune Snakea v poutech. Děj hry vrcholí a na scéně se scházejí Revolver Ocelot, Solidus Snake, Solid Snake, Raiden a Fortune. Revolver Ocelot vykrystalizuje v hlavní zápornou postavu, která je přímím nástrojem Patriotů. Fortune zjistí že jejího otce zabil Ocelot a obrátí na něj svou zbraň, on jí vysvětlí že její štěstí bylo jen malé mechanické zařízení, implantované do ní. Náhle ho Ocelot vypne a zapne své. Olga se marně snaží svoji energetickou zbraní, ale přes Ocelotovo zařízení se jí nepodaří ho ani trefit, zato Ocelot ji trefil jednou ranou na místo kde by údajně měla mít srdce. Ani Solidus Snakeovi se nepodařilo Ocelota zastavit svými rakety. Pak Ocelot naskočil do RAYe a začal pálit na Soliduse, Solida a Raidena plnou palebnou silou, na poslední chvíli povstala z mrtvých a ochránila všechny před sílou RAYe. Ocelot byl překvapen, v tu chvíli Ocelota úplně ovládnula jeho ruka, Liquid Snake se probudil a vypadá to že už na trvalo, po krátkém rozhovoru se Solidus naštval a začal na Liquid Snakea pálit. Liquid Snake nasedl zpět do RAYe, seskočil z Arsenal Gearu a uplaval pryč. Solid Snake roztrhl pouta na rukou a skočil za nim. Po chvíli Arsenal Gear naboural v New Yorku do federální budovy, a Raiden a Solidus Snake spadli dolu přímo na střechu Federální budovy. Nastává souboj na ostré nože Raiden proti Solidus Snakeovi, který nakonec Raiden vyhrává a schazuje Soliduse přímo na sochu Georga Washingtona. Nakonec se před Federální budovou setká Raiden se Solid Snakem. Raiden si vybírá novou identitu a potkává tu pravou Rosemary. Snake se pouští do hledání Patriotů...
Telefonický rozhovor
Otacon: Snaku, jsi tam? To jsem já. Dokončil jsem analýzu toho disku.Snake: Našel jsi seznam Patriotů?
Otacon: Samozřejmě. Obsahuje osobní data dvanácti lidí. Bylo tam jméno...Snaku, je to jeden z našich největších sponzorů.
Snake: Co se tady děje?
Otacon: To já nevím...
Snake: Každopádně, kde jsou?
Otacon: No, měli jsme pravdu, že jsou na Manhattanu, ale...
Snake: Ale co?
Otacon: Už jsou mrtví. Všech dvanáct členů.
Snake: Kdy se to stalo?
Otacon: No...ah...asi před sto lety.
Snake: Co to sakra...?!
Autor: Jakub Holý
