Příběh
Príbeh sa naväzuje na Shadow Moses incident, v ktorom Snake úspešne infiltroval nukleárnu základňu na Aljašskom ostrove Shadow Moses kde sa vyvýjal nový model Metal Gearu s krycím menom REX a eliminoval jednotku teroristov Foxhound, spolu s ich vodcom, Liquidom Snakom. Avšak Revolver Ocelot získal všetky technické informácie o Metal Geare, a vypustil ich do sveta.
A preto, sa Snake spolu s Otaconom rozhodli založiť anti-Metal Gear organizáciu, s názvom Philantrophy. O pár mesiacov neskôr, sa im ozvala istá Dr. Reed ktorá im poskytla informácie o vývoji nového prototypu Metal Gearu, výmenou za jej záchranu. Snakeovou misiou v tomto výskumnom stredisku je zistiť čo najviac o novom prototype a zachrániť Dr. Reed.
Prvou Snakeovou úlohou je zvýšiť bezpečnostnú úroveň svojej karty pomocou počítačového terminálu nazývaného Node. Snake sa dostane na prvé poschodie, vyhne sa niekoľkým hliadkam a úspešne nájde Node, ktorý sa ovšem zastaví na 75% a potom si vyžiada heslo. Otacon nájde spôsob ako zistiť frekvenciu vedkyne Reed, a akonáhle Snake úspešne rozlúšti kód, na obrazovke Codecu sa zjavý Reed. Snake sa jej spýta prečo robí na Metal Geare a dostane klasickú odpoveď, že chcela pomáhať ľuďom, ale využili ju a teraz nemože žiť pokiaľ má na rukách krv iných.
Ďalej sa Snake dozvie že Reed naňho čaká v Security Control Room. Reed mu uploadne do nanoprístrojov heslá zo všetkých Nodeov, a načitavanie konečne dosiahne 100%. Keď Snake vyjde z miestnosti, zavolá mu na Codec niekto s frekvenciou 111.11, a povie mu len to, že čoskoro sa porozprávajú. Snake okamžite zavolá Otaconovi, ale ten mu povie, že podľa záznamov Codecových prenosov sa žiaden hovor neuskutočnil. V ďalšej miestnosti Snake použije výťah a keď z neho vystúpi, jeho Sneaking Suit zrazu zmení farbu na svetlo-červenú, následovne na fialovú a potom dokonca na zelenú. Otacon mu vysvetlí, že môže meniť farbu svojho sneaking suitu, aby splynul s okolím.
Po niekoľkých Codecových rozhovoroch s Reed a Otaconom, sa Snake dostane do miestnosti so špeciálnou kamerou, citlivou na farby. Hliadky v tom sektore nosia červené uniformy, takže Snake potrebuje niečo červené. Na stene zbadá plagát so ženou v červenom oblečení, tak si teda okopíruje jej farbu a prejde popri kamere. Onedlho mu opäť zavolá Reed aby sa poponáhľal pretože sa zvýšila bezpečnostná úroveň, a prezradí Snakeovi že sa volá Victoria. Otacon má však tušenie, že niečo s jej menom, s jej celým menom, nieje v poriadku.
Snake nájde ďalší Node a Otacon začne vypínať bezpečnostné zariadenia, vďaka čomu by mali mať prístup k dátam Metal Gearu. Avšak všetky opancierované dvere v miestnosti sa uzamknú, a uväznia Snakea vo vnútri. V tom do miestnosti vojde Victoria, avšak jej hlas znie trochu inak. Snake si to okamžite všimne. Victoria mu prezradí že nikdy nepracovala v tomto zariadení a že v podstate nieje ani skutočná, že je to len súčasť VR systému ktorá má vznudiť dôveru v mužoch. Potom ho prepojí na istého "Veliteľa"(Commander) a ten mu prezradí, že bez neho by nič nedokázali a že bol prilákaný len pomocou programu a že jeho tým v tejto chvíli eliminuje všetku existujúcu ochranku a bezpečnostné opatrenia. A nazáver dodá že je uzamknutý len pre vlastnú ochranu, a že pokiaľ zostane tam kde sa momentálne nachádza, všetko bude v poriadku. Ale Snake chce okamžite vypadnúť, tak začne prehľadávať miestnosť. O chvýľu zbadá dva stoly v strede miestnosti a vlezie pod jeden z nich, akonáhle hliadka zbadá že miestnosť je prázdna, pribehne to skontrolovať. Vtedy Snake využije šancu a ujde.
Snake vbehne do výťahu, a vyjde spať hore na prvé poschodie, ale akonáhle sa dvere výťahu otvoria, okamžite uvidí laserové lúče. Otacon mu potrvdí že teroristi kompletne zaistili horné poschodia plastickou trhavinou. Snake sa cez ne dostane tým, že zničí kontrolné jednotky ale, keď vojde do ďalšej miestnosti, uvidí tam klasickú gulometnú kameru. Onedlho dorazí ku farbe-citlivej kamere, ktorá má avšak primontovaný gulomet. Snake si natiahne farbu z uniformy mŕtveho vojaka a bezpečne prejde popri kamere. V tom mu opäť zavolá Otacon, ktorý si uvedomil že inicály mena Victoria Reed sú VR, Virtuálna Realita. Ďalej mu Otacon povie, že aby sa dostal k Metal Gearu potrebuje kartu úrovne 4. Takže Snake musí opať nájsť Node. Potom sa mu opať ozve 111.11 ktorý mu povie že niečo v tom zmysle že, "naša minulosť nás tvaruje a bez nej sme nič" a dodá že v jeho minulosti je spása.
Snake nájde Krabicu a opäť sa mu ozve Otacon ktorý zistil že Node sa nachádza severo-východne od Snakea. Keď sa Snake dostane do oblasti s Nodeom, zavolá mu Otacon, že sa niekto opäť pokúša narušiť ich frekvenciu. Snake znovu úspešne odvráti rušenie, a Otacon mu upgradne kartu na lv4, vďaka čomu by mal mať prístup do celej základne. V tom Otacon zistí že na základni sa nachádza plne-funkčný model Metal Gear REX. Takže sa z Otaconom rozhodnú že ho treba zničiť. Snake sa vydáva do Zbrojnice kde získa NIKITU a FA-MAS. Potom zíde výťahom hlboko do podzemia kde objaví lasery, ale žiadne kontorolné jednotky. Z toho usúdi, že musia byť vo vedľajšej miestnosti. Preto použije NIKITU a deaktivuje lasery. Opäť sa mu ozve 111.11 so slovami že podľa jeho informácií sa ešte nikto nedostal takto ďaleko, a že má byť opatrný. V tom sa zjavý rozmazaný Otacon ktorý mu vraví aby pokračoval.
Snake vojde do ďalšej miestnosti a uvidí Commandera cez okno. Ich pohľady sa stretnú, Commander aktivuje ďalšie lasery, a následovne odíde. Snake použije C4 na stenu miestnosti do ktorej práve vošiel Commander, a akonáhle tam vojde, všetko začne žiariť a meniť farbu, tak radšej zavolá Otaconovi. Povie mu že všetko sa zmenilo a vyzerá to ako v nejakej počítačovej hre. Otacon odpovie že boli prekročené parametre misie a že vstupuje do neotestovaného územia. Snake sa ho spýta čo tým myslel ale Otacon zapiera že niečo povedal. Snake mu zopakuje, že vravel niečo o neotestovanom území. Otaconova fotka zmizne, ale hovorí ďalej a povie mu, že sa musí mýliť. V tom sa ozve 111.11 a povie že klame. Zrazu sa ozvú Victoria a Commander. 111.11 Snakeovi prezradí že je skutočným Otaconom a že Snake sa nachádza v počítačovej simulácii a že jediný spôsob ako sa z nej dostať, je dokončiť ju. Snake vojde do miestnosti s Commanderom a porazí ho pomocou NIKITY, CHAFFov a FA-MASu. Vo chvíli, keď ho zasiahne posledná raketa, všetko sa zmení na VR simuláciu, obrazovka sčerná a objavia sa nápisy:
>>Simulation end.
>>Error.
>>Systems parameters have been reached.
>>Restarting.
Potom sa objavia svetlá, a následuje niečo na spôsob záverečného telefonátu.
Ozvú sa dva vzdialené hlasy:
Hlas 1: Bol to ešte lepší zdroj než sme čakali.
Hlas 2: Snake zlyhal. Nedal nám potrebné informácie.
Hlas 1: Už máme nového kandidáta. Niekoho s dojímavejšou myslením.
Hlas 2: Úžasné. Takže toto bolo len zahriatie.
Hlas 1: Vymažte mu pamať a pustite ho, použijeme ho neskôr... Jackovi to hádam pôjde lepšie.
METAL GEAR SOLID MOBILE
