Příběh
Poloostrov San Hieronymo
Píše se rok 1970. Vláda USA je přesvědčena, že Big Boss má stále druhou polovinu Philosopher’s Legacy. Člen jednotky FOX Cunningham je pověřen zjistit, kde Legacy je. Big Boss se probouzí ve vězení na polostrově San Hieronymo v Jižní Americe. Seznamuje se s dalším věznem jménem Roy Campbell. On a jeho jednotka Zelených baretů byli stejně jako Snake přepadeni FOXem. Snake se dozvídá, že poloostrov patří Rudé Armádě - Rusové ho dostali od kolumbijských revolucionářů za vojenskou pomoc. Rozhodli se zde vybudovat raketovou základnu, ale kvůli dohodě o omezení počtu balistických střel již základna nebyla třeba, takže nikdy nebyla úplně dokončena. Člen FOXu Gene zradil USA a unesl na tuto základnu přísně tajnou zbraň hromadného ničení, bojový tank založený na Shagohodu – Metal Gear. Jeho cílem je jaderný útok na SSSR, pokud nebudou splněny jeho požadavky. I když je Snake z jednotky FOX už dlouho pryč, CIA ho obvinila ze spoluúčasti na tomto incidentu. Snake a Campbell z vězení utečou. Aby Snake očistil své jméno a zabránil nukleární válce, založí společně s Campbellem jednotku FOX HOUND. V tuto chvíli se chopí dění hráč. Vaším cílem je naverbovat co nejvíce Genových vojáků na svoji stranu a sabotovat Genovy plány.
Postupem času si Snake udělá jméno mezi Genovými vojáky a hodně se jich přidá na stranu FOX HOUNDu. Po několika úspěšných misí je Snake zajat a uvězněn. Gene Snakovi prozradí, že celá záležitost s krádeží Metal Gearu byla fingovaná lež, kterou si vymyslela CIA. Východ už není tak mocný jako dříve, navíc díky The Boss přišel o Philosopher’s Legacy. Díky Studené válce je CIA stále mocnější a mocnější, ale kvůli nerovnováze sil je konec Studené války velice blízko. Proto se CIA rozhodla nařídit jednotce FOX, aby Metal Gear ukradli a předali Východu - tak by byl poměr sil vyrovnán a Studená válka prodloužena. Později Snaka ve vězení navštíví Elisa, jedna z přívrženců Gena, která ale Snakovi pomáhá. Využije svých zvláštních schopností, aby Snakovi telepaticky řekla lokaci Metal Gearu. Elisa je sice jen zdravotní sestra, ale její dvojče Ursula je členkou FOXu a má mnohem silnější schopnosti. Snake stráví nějaký ten čas ve vězení, než ho nezachrání jeho vlastní jednotka FOX HOUND. Při útěku z vězení je ale překvapí Cunningham a začne se vyptávat na druhou polovinu Philosopher’s Legacy. Jako součást vyslýchání začne Cunningham zabíjet jednoho vojáka po druhém, dokud ho nezastaví Elisa. Snake a zbytek jednotky naskočí do její dodávky a ujedou. Snake a Elisa se vydávají do skladiště s Metal Gearem. Na scéně se ale objeví Gene, jeho vojáci a Ursula – sestra Elisy s opravdu silnými psychickými schopnostmi. Gene přikáže Ursule, aby se probudila…Elisu najednou ovládne její sestra a Elisa aktivuje Metal Gear. Snake s Metal Gearem bojuje. Po několika raketách z RPG je Metal Gear zničen, Elisa se ale nedostane včas ven a Metal Gear exploduje. Snake se ale dozví, že tohle byl Metal Gear RAXA – testovací model. Gene pomocí své přesvědčovací schopnosti zmate Snakovi vojáky natolik, že se vzájemně postřílí. Gene odletí vrtulníkem a Snake zůstane na bojišti s mrtvolami svých přátel.
Špiónům se podaří odhalit tajné podzemní silo, kde Gene ukrývá Metal Gear. Snake silo infiltrujte a objeví velký nákladní výtah, ve kterém byl Metal Gear pravděpodobně převezen. Cestu mu opět zkříží Cunningham a rozhodne se říci Snakovi pravdu.
Cunningham nepracuje pro Gena ani pro CIA, ale pro Pentagon. Aby CIA neztratila svoji moc, rozhodla se předat Metal Gear Východu, aby Studená Válka pokračovala. Pentagon se začal CIA obávat a nechtěl dopustit, aby i nadále měla CIA takovou moc - rozhodli se CIA o ni připravit. Povolali Gena, aby Metal Gear ukradl dříve než dojde k předání Rusům. Gene dostal od Pentagonu rozkaz vystřelit jadernou hlavici na SSSR, aby byla CIA oslabena. Snake byl ve skutečnosti na poloostrov poslán, protože vláda USA věděla, že Snake dokáže infiltrovat jeho základnu, získat na svoji stranu povstalce proti Genovi a nedat mu jinou možnost než doopravdy vypálit na SSSR. Snake se ale dostal dál než Cunningham čekal a proto ho musí zastavit. Dá mu ale ještě příležitost odletět vrtulníkem do států, kde z něj bude hrdina. Snake ale nedokáže nechat Gena použít Metal Gear a rozhodne se s Cunninghamem bojovat. Po tvrdém souboji Cunningham umírá a Snake pokračuje až do řídící místnosti za Genem.
Od něj se dozví, že Cunningham byl přes to všechno pouze loutka. Gene přizná, že se nehodlá řídit rozkazy, má vlastní plán. Neplánuje vystřelit na SSSR, ale na USA – chce vystřelit na Virginii, aby zničil ředitelství CIA zároveň s Pentagonem. Tak vypukne obrovský chaos, světový řád padne, to vše by mohlo vyústit v ukončení existence Spojených států amerických jako státu. Gene chce takhle osvobodit lidstvo od nadvlády Philosophers, zaujmout jejich místo a vytvořit vlastní národ tvořený pouze těmi nejlepšími vojáky. Tato organizace by byla skryta ve stínu, tahala za provázky a tajně ovlivňovala všechny konflikty po celém světě. Gene tuto organizaci nazývá Army’s Heaven. Snake Gena obviní, že není nic jiného než diktátor, který vnucuje lidem, svoji vůli, využívá je a když je nepotřebuje, odhodí je jako kus hadru. Snake konstatuje, že Army’s Heaven(=Armádní nebe) není pro vojáky žádné nebe. Místo které hledají je mimo Genovo „nebe“(= Outer Heaven). Čas už ale vypršel, trajektorie pro Metal Gear již byla vložena a všechno je připraveno. Gene aktivuje Metal Gear. Něco se ale nezdaří a startovací zařízení exploduje.
Levitující Elisa a Ursula – 2 osoby v jednom těle – zabránily startu a chystají se zastavit Gena. Ten do Elisy/Ursuly okamžitě zabodne nůž a odchází odpálit Metal Gear ze záložního ovládání. Elisa/Ursula umírá, ale řekne Snakovi svou vizi: Snake zničí Metal Gear a na jeho místo vytvoří nový. Jeho syn zničí svět…jeho syn svět zachrání(Liquid Snake zničí, Solid Snake zachrání). Elisa/Ursula umírá.
Snake se dostane k Genovi, odpočítávání už ale bylo spuštěno. V následném souboji Snake pocítí, že Gene je více než dokonalý voják. I tak ho ale dokáže Snake porazit. Gene v posledních chvílích svého života informuje Snaka o tom, že odpočítávání už není možné zastavit. Dá Snakovi film, který obsahuje všechny informace a data o vybavení, personálu a financích, které Gene shromáždil na vytvoření Army’s Heaven. Gene umírá a Metal Gear se začíná připravovat ke startu. Metal Gear jako celek je raketa, na jejímž vrcholu je připevněna Metal Gear jednotka. Raketa je vystřelena a na místě určení se Metal Gear jednotka odpojí od rakety a na povrchu vypustí několik jaderných střel, což bude mít obrovské ničivé účinky. Jediná možnost jak tomu zabránit je zničení Metal Gear jednotky dřív než dojde k odpálení rakety. Snake do jednotky vystřelí 2 rakety z RPG, ale nic se nestane. Raketa je odpálena, ale na cestě k cíli exploduje a začne padat k zemi. Snake opět dokázal, že je hoden svého titulu Big Boss.
Podzemní kryt CIA
Ihned jak se ředitel CIA dozvěděl o skutečném kurzu Metal Gearu, šel se schovat do podzemního krytu CIA, kde již na něj čekal trojitý špión pro Philosophers – Ocelot. Ředitel oznámí, že musí chránit důležité dokumenty, které obsahují seznam jmen Philosophers a všechny informace o Philosopher’s Legacy. I kdyby Gene uspěl a opravdu zasáhl CIA a Pentagon, tyto dokumenty by Philosophers znovuzrodili. Ve chvíli, kdy tohle Ocelot uslyší, ředitelovi strážce a ředitelovi řekne, že nechce zradit Philosophers, ale že je chce zničit. Plánuje vytvořit svět tak, jak si ho představovala The Boss. A proto si přišel pro druhou polovinu Philosopher’s Legacy. Ocelot zastřelí ředitele CIA.
Washington D.C.
Snake se vrací do USA opět jako hrdina, pro celý incident je vymyšlena zástěrka, že byl Snake poslán zlikvidovat ruskou raketovou základnu. Dostane mediali a jako Big Boss se stává velitelem nové oficiální organizace FOX HOUND.
