Beauty and the Beast
Tuto jednotku tvoří 4 ženy, jejichž vědomí i těla byly nenavrátně poškozeny hrůzami války, a tak se z nich staly bojové stroje. Pozůstatky jejich těl byly spojeny s novými, robotickými těly, které z nich udělaly smrtící zbraně. Tato jednotka charakterizuje téma MGS4, kterým jsou hrůzy války a jejich dopad na lidi. Více se dočtete v sekci
MGS4 - postavy.
Cobra Unit
Cobra Unit byla založena někdy před 2. světovou válkou.Tuto jednotku vedla The Boss. The Boss vytvořila CQC techniku s jejím posledním žákem Naked Snakem. Tato jednotka se rozpadla po válce a byla znovu vytvořena, když The Boss přeběhla k USSR. Připojily k sobě plukovníka Volgina a pomohla mu s unesením Shagohoda. Všechny členy jednotky porazil Naked Snake při incidentu v Tselinoyarsku.
Dead Cell
Dead Cell je protiteroristická jednotka oddílů SEAL. Tvoří jádro teroristické skupiny Sons of liberty , jež obsadila Big Shell.
FOX unit
Fox Unit byla založena Naked Snakem. Byla to nejlép vycvičená jednotka. Big Boss potom jednotku rozpustil a vytvořil z ní jednotku Fox-Hound.
Philanthropy
Philanthropy založil Solid Snake společně s Otaconem. Organizace bojuje proti Metal Gearu po celém světě.